Рельеф территории высокогорный, резко пересеченный, альпийского типа. Господствующие вершины имеют высоту более 3000 м над уровнем моря.

С одной стороны, отдаленность участков создает определенные трудности в охране и контроле над территорией, с другой стороны является причиной различий в характеристиках участков, большего разнообразия представленных природных ландшафтов и объектов животного и растительного мира.

Если участки«Сайлюгем» и «Уландрык» подверглись активному влиянию человеческой деятельности (выпас скота, охота, браконьерство, активный сбор дикоросов), то участок "Аргут", в силу труднодоступности, являет собой эталон девственной природы (в особенности  территория в пойме реки Юнгур).

Естественной границей участка «Аргут» на северо-востоке является Северо-Чуйский хребет, на юге – водораздел рек Юнгур и Карагем, на западе – отроги Катунского хребта по водоразделу рек Коир и Аккем.

Южная граница участка «Сайлюгем» - государственная граница России и Монголии, проходит по водоразделу хребта Сайлюгем – горного хребта Юго-Восточного Алтая. Длина  хребта 130 км, высота до 3499 м над уровнем моря (г. Саржематы). Наиболее высокие вершины хребта увенчаны ледниками.