Флора Национального парка «Сайлюгемский» своеобразна и неоднородна по составу.

На хребте Сайлюгем, находящемся на стыке относительно влажной Сибири и сухого климата Монголии господствующим типом растительности являются степи и опустыненные степи. Большую площадь занимают высокогорные тундры. Кластер отличается безлесостью.

Участок «Аргут» - один из самых девственных уголков Республики Алтай с наименее измененными человеком ландшафтами. Растительность включает опустыненные и настоящие степи, остепененные луга. В долинах рек – леса (лиственично-еловые, березово-еловые, тополевые, кедрово-лиственичные) и высокогорно-тундровые сообщества.

Растения, занесенные в Красную книгу Республики Алтай:

Астрагалы - аксайский, аргутский, коротколистный, морщинистый, Политова, роскошный, чуйский;

Остролодочники - Ладыгина, Мартьянова, нижнеальпийский, пузырчатоплодный, пушистопузырчатый, Сапожникова и др.